Похороните вместе остатки, боящиеся воды, и наблюдайте, как падает энергия.
Вам дана цепочка остатков, часть из которых гидрофобна (H), а часть нет. Сложите его на сетке так, чтобы гидрофобные остатки сгруппировались в скрытом ядре — каждая несмежная пара HH, которая в конечном итоге соприкасается, снижает энергию структуры. Достигните самой низкой энергии, чтобы решить эту проблему.
Protein Fold — это биохимическая головоломка, построенная на том, как белки сворачиваются вокруг гидрофобного ядра — принцип, который придает белкам их форму.
Сворачивать цепочку гидрофобных и полярных остатков так, чтобы гидрофобные ушли в ядро, засчитывая каждый несмежный контакт H-H, — это решёточная HP-модель сворачивания белка.
Оригинальное упрощение — прямой подсчёт скрытых контактов.
Это радикальное упрощение, сохраняющее существенную физику. Гидрофобный эффект — объединение неполярных групп, потому что это максимизирует энтропию окружающей воды, — главная сила, придающая белку форму, поэтому модель, почти ничего больше не содержащая, всё равно даёт узнаваемо белковые укладки.
Protein Fold — это биохимическая головоломка, построенная на моделях сворачивания белков с гидрофобным ядром. Это оригинальная бесплатная браузерная игра, созданная специально для PlayPendium.